一、水稻空秕粒形成内因
1、水稻品种穗形紧凑、大穗大粒、着粒过密的品种比穗型松散、小穗小粒、着粒较稀的品种空秕率高。
2、水稻颖花形成过程中性细胞不能正常分裂，使颖花停止发育。
3、水稻植株开花后没有正常受精。
4、水稻植株虽然开花受精，子粒因得不到充足养料而发育中断。
二、水稻空秕粒形成外因
1、温度：水稻颖花形成时期，温度适宜与否，关系到性细胞能否正常分裂。在水稻抽穗开花期，如日平均气温低于20℃或超过35℃以上，且气候干燥时，易使花粉失去活力，影响受精。灌浆期如温度过高过低，则影响籽粒灌浆，导致秕粒产生。
2、水分：水分对水稻整个生长发育阶段都有较大的影响，特别是孕穗期遇上干旱或水灾，会严重影响***的发育，形成大量的畸形花。开花期如遇上干旱，花粉无法受精，遇上大雨或连日阴雨，田间湿度过大，雨水会直接冲刷花粉或引起花粉粒破裂，导致空壳增多。
3、养分：肥料不足会导致植株后期早衰而产生大量空秕粒，但如果生育中后期氮肥施用过多，导致植株疯长，则光合产物大都用于茎叶中蛋白质的合成，运往籽粒中的有机养分则相对减少，使某些得不到足够养料的籽粒停止发育形成秕粒。
4、病虫危害：水稻中后期的病虫害较多，如防治措施不得力，不仅空秕粒增加，严重时还会造成失收。
水稻密植不合理，土壤耕作层太浅，品种搭配不当以及管理不及时等，对空秕率形成都有一定影响。要想减少水稻空秕率，必须采取综合措施，创造适于植株健康生长发育的环境条件，协调水稻生长发育与外界环境条件的矛盾，达到降低水稻空秕率的目的。