存在问题氮磷化肥用量普遍偏高，有机肥施用不足，微量元素硼和锌缺乏时有发生。
施肥原则依据土壤肥力条件，适当调减氮磷化肥用量；增施有机肥，提倡有机无机配合；依据棉田土壤钾素状况，高效施用钾肥，注意硼和锌的配合施用；氮肥分期施用，适当增加生育中期的氮肥施用比例；肥料施用应与高产优质栽培技术相结合。
施肥建议在亩产皮棉70～90公斤的条件下，施肥总量为：亩施优质农家肥2000公斤，氮肥11～13公斤，磷肥5～7公斤，钾肥5～7公斤。对于硼、锌缺乏的棉田，注意补施硼、锌微肥。
氮肥的35%～40%用做基肥，35%～40%用在初花期，15%～20%用在盛花期；磷肥全部用做基肥；钾肥全部用做基肥或基追（初花期）各半。从盛花期开始，对长势较弱的棉田，结合施药混喷0.5%～1.0%尿素和0.3%～0.5%磷酸二氢钾溶液50～75公斤/次，每隔7～10天喷一次，连续喷施2～3次。
