大棚土壤因复种指数高，连作时间长，土壤的生物多样性逐渐遭到破坏，使土壤微生物菌群失衡，从而引发根结线虫、枯萎病、根腐病等土传病害，尤其在黄瓜专业村、西红柿专业村、茄子专业村等单一种植的棚区更为严重。
对于土传病害多的棚室，建议菜农通过底施、穴施、冲施、灌根全方位使用微生物肥料，为土壤补充微生物菌的种类和数量，并依靠它们之间的竞争、寄生、占位等关系，创造和谐、稳定的土壤微生物环境，以减少土传病害的发生。
底施：生物有机肥、微生物菌剂
想要抑制土传病害的发生，除了增加有益微生物的种类和数量，还要不断增加土壤有机质的含量，这是因为有机质不仅能够促进土壤团粒结构的形成，还是各种微生物菌懒以生存的粮食。因此，在蔬菜定植前施用含有防病促生作用的芽孢杆菌、木霉菌等有益菌的生物有机肥、纯有机肥或微生物菌剂，不但能够补充土壤有机质，利于形成腐殖质，促进土壤团粒结构的形成；而且能够培养土壤有益菌群，抑制土传病菌、线虫的危害。
穴施：微生物菌剂（固体）
穴施微生物菌剂一方面可以预防土传病害如根腐病、枯萎病、根结线虫等对根的侵染为害；另一方面能够提前为根系创造适宜的土壤环境，利于根系快速适应土壤，简单来说就是防病、促根。如穴施含有淡紫拟青霉或放线菌的微生物菌剂、或者施用激抗菌968与土拌匀后定植，可在很大程度上抑制根结线虫的发生，并且促进生根和缓苗。
菌剂灌根抑制病原菌
通常防治土传病害，菜农习惯药剂灌根，不可否认的是药剂灌根见效快，但是在它在杀灭有害菌的同时也将土壤中的有益菌一并杀灭。因此，菜农朋友要养成药剂灌根后隔5-7天再灌菌剂类生根剂的习惯，及时补充土壤微生物数量，保证有益菌始终占领优势地位。
菌剂冲施调控土壤
蔬菜生长期间连续冲施含有防病促生作用的芽孢杆菌、木霉菌等微生物菌剂，通过微生物菌在蔬菜根际和植株体内增殖和转移，充分发挥微生物菌的调控功能，达到预防土传病害、改良土壤的目的。
需要提醒菜农朋友注意的是，微生物肥料在土壤中发挥作用需要一定的时间，因此一定要坚持施用，并且不要与杀菌剂混用，以免降低使用效果。
