由于夏、秋季节在主干和主枝上还会抽生出一些竞争枝，"背上枝"、"背下枝"等无效枝条，造成树型不整，枝条分布杂乱，因此必须进行冬季修剪。
修剪的时间从11月下旬开始。这一次修剪掌握"轻剪缓放"和"多留果枝"的原则。
所谓"轻剪"，就是只把果枝顶端抽生的秋生枝条剪掉，这样的枝条翠嫩没有完全形成木质化。剪掉秋生枝的目的是不让它消耗果枝上的营养。促使果枝粗壮，花芽饱满。刀口的位置掌握在秋生枝距离春生枝3公分处。尽可能不伤及春生果枝。
通过修剪，结构定型，果枝长短有度，果枝层间的距离适宜。树势不过旺，也不过弱。过旺的树只长树不长果，过弱的树挂果能力差。
冬季修剪标志着对二年生晚秋黄梨树的管理工作基本结束，只等待明年春天进入挂果期。
