合理的控制灌水是中药材生长的必要条件，若水分不足，轻则减产，重则死亡。水分过多，容易延迟成熟，使根系窒息死亡。
一、灌溉的一般原则：灌溉需要根据不同中药材的习性区别对待，如甘草、麻黄等喜干旱，应少浇水；如泽泻、莲等水生中药材喜湿润，则不能缺水。通常一年生中药材从播种到开花，需水量不断增加，开花盛期需水量开始减少。一般中药材苗期宜勤灌、浅灌，生长盛期应定期灌水。花期对水分要求较严，水分过多常引起落花，过少则影响其受精。果期在不造成落果的情况下，可适当偏湿，接近成熟期应停止灌水。为减少土温与水温的差异，夏季灌水宜在早、晚进行。
二、灌溉方法：有沟灌、畦灌、淹灌、喷灌、滴灌、渗灌等，有条件的地方，应使用喷滴灌灌溉，因为喷滴灌更能人为的控制灌水，适合中药材成长需水特点，用最少的水获得较高的产量。
三、排涝：雨季来临前要挖好排水沟，地下水位高、土壤潮湿、田间有积水时，应及时排出，以免烂根，甚至造成病害蔓延。
