夏季水培菠菜易发生霜霉病、炭疽病、斑点病和病毒病。霜霉病可用百分之64杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或百分之58甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液防治，7至10天1次，连防2至3次；炭疽病可用百分之50多菌灵可湿性粉剂700倍液，或百分之80炭疽福美可湿性粉剂800倍液防治；斑点病可用百分之36甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，或百分之40多硫悬浮剂600倍液防治；病毒病用百分之1.5植病灵乳剂1000倍液防治。虫害主要有蚜虫、白粉虱、美洲斑潜蝇、菜青虫等。可用灭杀毙、溴氰菊脂等低毒低残留农药防治，同时要注意安全使用间隔期，确保产品不受农药污染。
