无公害蔬菜生产中肥料施用必须使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。
一、秸秆还田秸秆还田可根据具体蔬菜对象选用堆沤（堆肥、沤肥、沼气肥）还田、过腹还田（牛、马、猪等牲畜粪尿）、直接翻压还田或覆盖还田等多种形式。秸秆直接翻入土中，一定要和土壤充分混合，注意不要产生根系架空现象，并加入含氮丰富的人、畜粪尿调节碳氮比，以利于秸秆分解，也可用少量氮素化肥调节碳氮比。秸秆烧灰还田方法只有在病虫害发生严重的地块采用较为适宜。应当尽量避免盲目放火烧灰的做法。
二、无害化处理在一定的情况下，使用城市生活垃圾是安全的，但要防止金属、橡胶、砖瓦石块的混入，还要注意垃圾中经常含有重金属和有害物质等。因此，城市生活垃圾要经过无害化处理，质量达到国家标准后才能使用。每年每亩农田限制用量，黏性土壤不超过3000公斤，沙性土壤不超过2000公斤。禁止使用有害的城市垃圾和污泥。医院的粪便垃圾和含有有害物质如毒气、病原微生物、重金属等的工业垃圾，一律不得直接收集用作肥料。
三、高温发酵生产无公害蔬菜的有机肥料无论采用何种原料（包括人、畜粪尿、秸秆、杂草、泥炭等）制作堆肥，必须经高温发酵，使之达到无害化卫生标准。有机肥料原则上应该就地生产就地使用，外来有机肥应确认符合要求后才能使用。商品肥料及新型肥料必须通过国家有关部门的登记认证及生产许可。
四、充分腐熟腐熟达到无害化要求的沼气肥水及腐熟的人粪尿可用作追肥，严禁在蔬菜上使用未充分腐熟的人粪尿，更禁止将人粪尿直接浇在（或随水灌在）绿叶菜类蔬菜上。
五、栽培绿肥栽培绿肥最好在盛花期翻压（如因茬口关系也可适当提前），翻压深度为15厘米左右，盖土要严，翻后耙匀。一般情况下，压青后20-30天才能进行播种或栽苗。
六、勤施饼肥饼肥对水果、蔬菜等品质有较好的作用，腐熟的饼肥可适当多用。
