不选有腐蚀性作用的肥料碳酸氢铵、氨水具备挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成损害，通常不宜做种肥。可将这类肥料施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混杂施用。
不选有毒害作用的肥料尿素中常含有少量的缩二脲成分，对种子和幼苗有毒害作用。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，影响种子发芽。
不选含有害离子的肥料氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入泥土后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽也有影响。
不选强碱性化肥窑灰钾肥、钢渣磷肥等强碱性肥料也不宜做种肥。窑灰钾肥吸湿性强，吸水后放出大批热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与有机肥混杂，施入播种沟穴内，再播种覆土。
不选未腐熟的农家肥乡村常用厩肥、人粪尿水等做种肥，如果未腐熟，在发酵进程中释放大批热能易烧根系，释放氨气灼伤幼苗。所以未腐熟的有机肥不要施用，经过堆沤高温发酵，充分腐熟后能力做种肥。