蘑菇病毒病一旦发生，损害很大，不但当年的产量下降，如菇房消毒不彻底，还会影响下一年的收获。蘑菇菌丝感染病毒后不能形成子实体，严重时菌丝体糜烂，导致菌床上涌现大块无菇区。菇蕾感染病毒后，子实体发育呈畸形，有的菌盖上涌现褐色雀斑，菌盖倾斜；有的菌盖有缺口，菌盖与菌柄生长不均衡，菌盖特小或菌柄专长；或菌柄曲折，菌柄下部削尖；或菌柄中央膨大成柄状或坛状；有的菇体呈水渍状，挤压菌柄都是水。其防治办法如下：
1、栽培时要经常改换品种。每一种品种在同一地区内，延续使用不得超过2年，各种菌株要交替使用（指贴生型和蔼生型），避免连作菌株适应能力下降而染上病毒。
2、每次栽培前后，所有菇棚（舍）、工具都要用5％甲醛消毒，也可用溴甲代烷熏蒸消毒，特别是老菇棚（室）的床架及地面，更应威严消毒。
3、栽培前，除消毒菇棚（室）外，在四角浅埋10—20片万消灵（医院有售），同时培养料点种后，料面用报纸覆盖，每周用0。5％的甲醛喷湿报纸2次，直到覆土为止。
4、已发现有病毒病的菇棚、蘑菇必须在开伞前采收完，并喷洒2％甲醛消毒，以防孢子扩散。
