棉花的产量及质量受病害的限制是十分明显的，特别是棉花黄萎病，是棉花生产上危害最严重的病害。在世界各个种植棉花的地区都有发生。这种病害一直困扰着我国棉花的生产，黄萎菌变异迅速，往往导致抗病品种的抗性丧失，使得黄萎病大面积流行。
过去人们主要通过分离培养、生物学测定和鉴别寄主法等常规方法对黄萎病菌进行研究，常规方法操作复杂、费时、特异性不高。进入20世纪80年代，随着分子生物学，生物化学、免疫学等领域取得的巨大进步，尤其血清学、核酸技术的应用，为植物病原菌的快速检测提供了许多新技术新方法，促进了植物病害的检测技术飞速发展，目前运用于黄萎病菌鉴定上的技术主要有ELISA方法、RAPD分析、RFLP分析、AFLP分析、PCR鉴定等。植物病害检测仪是近几年对作物病害进行有效检测的仪器之一。
通过核酸技术可以实现对黄萎菌类型快速的鉴定，并且受外界因素影响比较小。具有快速、准确、科学的特点。但也有它的局限性，如费用较高，限制了它的普及应用；目前其只能分出黄萎菌的表现型，不能够确定菌株致病力的强弱等。在所有的鉴定方法中，鉴别寄主鉴定法是最基本、最有效的方法，其他方法由于只能区分类群间，如将黑白轮枝菌和大丽轮枝菌区分开或是将落叶型和非落叶型区分开，而在分析类群内的差异时则不显著，所以只能作为辅助手段，最终需要用鉴别寄主鉴定法去验证。植物病害检测仪在棉花黄萎病的检测作用十分明显。
总之，不同地区棉花黄萎病菌由于各自独特的地理气候条件，不同采集地的菌株可能存在一定的“地方性”特点。因此，在研究的过程中，将核酸技术与鉴别寄主法共同使用，可以提高鉴定结果的准确性，使鉴定结果更加准确完善。
