牡丹常见的病害有红斑病、灰霉病、褐斑病、锈病、炭疽病、白绢病。在牡丹的全部栽培进程中，经常因为气候、泥土重茬及管理不善等多种因素导致病虫害发生，以致损害牡丹的正常生长发育，使其长势变弱，花色消退，丹皮产量低，品格差。因此，加强牡丹的病虫害防治工作是保证其茁壮生长的重要办法。
上述病害的防治方法是：栽植前用500倍70％的托布津加新高脂膜800倍溶液浸根10分钟。发病后用用50％多菌灵800倍液加新高脂膜800倍液喷雾。发生锈病须喷300倍敌锈钠。牡丹的虫害不多，主要有介壳虫、蛴螬、卷叶蛾等。蛴螬咬食牡丹根颈部，发生较为普遍而严重。当发生蛴螬等地下害虫为害时，可用5％的辛硫磷颗粒剂（每亩用药2公斤）均匀撒施于土表，此后翻入土中（约20厘米），防治效果良好。
在全部防治进程中，要做到以防为主，群防群治。应重视石硫合剂、波尔多液等传统杀菌剂的运用，在这些杀菌剂种加入新高脂膜，成本低，效果好。另据察看，在牡丹地块中恰当间作一部分国槐、杏等乔木树种，可有效下降叶部病害的发生，增进生长势的加强，这可能是牡丹在其原产地长期适应天然环境的结果。
