1.土传病害发生面积大并且日趋加重。
温室一旦建成，重茬连作不可避免，每年换土又不现实，极易造成土壤中病菌的积累。如枯、黄萎病、菌核病、根结线虫病等。在许多温室、大棚内均成为主要病害，并且大有蔓延之势。
2.低温高湿，病害发生重。
棚内的小气候可调节范围有限，良好的肥水管理加重棚内湿度，客观上会促进许多喜低温高湿病害，如灰霉病、晚疫病等严重发生。
3.细菌性病害及病毒病日趋严重。
长期以来，一直注重对真菌类病害的防治而使细菌性病害、病毒病乘虚而入，逐步加重，如细菌性疮痂病、溃疡病、青枯病和软腐病等均呈加重趋势；病毒病也由主要危害叶片，转向危害果实。
4.新病害不断出现。
特殊的栽培环境，良好的生态条件促成了一些新病害相继出现，并成了保护地蔬菜生产中新的制约因素，如红粉病、圆纹病等均使防治工作增加了难度。
5.生理性病害种类增多且辨别难度增加。
棚内温湿度等可调节范围有限，一旦遭遇恶劣天气条件，会造成棚内湿度大，地温偏低，通风不良等，从而影响蔬菜的正常生长，影响根系对养分的吸收，造成植株生长失调而表现出多种生理性病害，并加重生物学病害发生。
例如低温障碍，生理性早衰，肥害、气害等情况混发，导致一时难以诊断，找出病因。
