沂州木瓜枝条短而粗壮，营养生长向生殖生长转化快，由于这种枝条和其它树一样有向上长的特性，自然也会形成少量旺长枝、背上枝、重叠枝、病虫枝等，对这些枝条需要适时修剪，如果不修剪就会影响到光照、通风、浪费养分吸收等。生长季节可及时清除根部旺长枝，对不利修剪的背上枝、重叠枝、病弱枝可在冬季修剪掉。
在修剪主干时，应在春季发芽时进行，第一年修剪可按60-80厘米定干，促使其分生结果枝。第二年修剪，在主干上剪去生长量的1/3，第三年还是剪去生长量的1/3，第四年木瓜进入丰产期，主干生长迅速减慢，就可以停止修剪了，树高保持在2.5米左右，对分生的几大骨干枝也按生长量的1/3修剪，使它能够分生大量的结果枝组，对于多年结果的老枝条，应该逐年按比例剪短，这样就可以培养出新的分枝，以保证连年丰产。
