从棉花的收获到第二年播种前，是棉花病虫害的越冬期，在此期间棉花的病原菌和害虫都在各种场合隐藏越冬和休眠。抓住越冬期的有利机会进行防治，可下降来年病虫基数，收到事半功倍之效。
1、干净田园。棉花红铃虫、红蜘蛛、蚜虫、盲椿象、炭疽病菌、立枯病菌等，可在棉田遗留的枯枝、落叶、烂铃以及杂草上越冬。彻底消除枯枝落叶烂铃，铲除田内及四周杂草，可有效地消灭越冬病虫。消除物要及时集中销毁或深埋，切忌沉积在田边。
2、深耕灌水。棉铃虫、地老虎、斜纹夜盗蛾、造桥虫等在泥土中越冬，可采取深耕灌水办法杀灭。此法防效显然，棉铃虫的死亡率可达90％以上。深耕深度30—40厘米，把表土翻到下面，底土翻到上面，翻起的大土块暂不打碎，以利冬凌风化。冬灌宜在三九天进行，要灌透灌匀。通常每亩灌水量为80—120立方米，粘土田应略多灌一些，方法以沟灌为好，忌大水漫灌。
3、药剂熏蒸。炭疽病菌、角斑病菌、红腐病和红铃虫等多种病虫，可附着在种子内外越冬。可将贮种仓库密封，每立方米空间用溴化甲烷32—37克熏杀，密闭3天，可杀死棉种中98％的红铃虫及部分病原菌。也可把棉种放在“三开一凉”的热水中（水温65度左右）搅拌浸泡，杀虫杀菌效果也好。
4、消灭贮藏场合虫源。棉花红铃虫幼虫主要躲在贮存棉花的仓库四壁缝隙和收晒运贮工具的空隙中越冬，因此，可在贮存棉花前对仓库内的墙壁用石灰浆喷刷，填平间隙，此后用50％敌敌畏乳剂100倍液，喷在墙上地面，再放棉花，封严门窗，毒杀红铃虫。将收、晒、运贮时使用过的工具，用开水浸烫或用除虫药剂喷洒，消灭潜在的幼虫。如在水中浸泡一周，则除虫效果更佳。
