1.隔离防杂。苦瓜是异花授粉作物，留种田附近2km以内不能栽种其它品种的苦瓜，以防不同品种之间串粉杂交，使品种混杂不纯。
2.人工辅助授粉。苦瓜在开花期遇上阴雨天不利于异花授粉时，要进行人工辅助授粉，以提高制种产量。
3.留种时间。苦瓜留种应结合采摘上市同步进行，当苦瓜初收2～3次后，进入旺盛结果期时，便可进行留种。
4.选择种株、种瓜。选择生长健壮、无病虫害、结瓜多、瓜型端正，具有本品种特征的植株作留种株。再选择留种株上靠近基部的2～3个瓜作种瓜，将其余的幼嫩瓜及早摘除，使养分集中供应种瓜。
5.适时采收。当种瓜充分成熟尚未转黄时便可采收，用刀剖开瓜蒂部深5～7cm，取出内部种子。随即用清水洗去种瓤，再将种子摊开阴干，装入疏布袋，放在通风干爽处贮存。或将种子用玻璃瓶盛装，先在玻璃瓶底装入厚3～5cm的新鲜谷壳灰，放入种子，再用谷壳灰覆盖，然后放在阴凉通风处贮存。
