1.农业防治
(1)实行轮作病地与百合科蔬菜或黎科蔬菜轮作3年以上，或与水生疏菜轮作1年，即可收到良好的效果。
（2）深翻土壤不能轮作的病地、收获后深翻土壤20厘米，将大多数菌核埋在10厘米以下。结合利用三夏高温休闲时期，先彻底清洁田园，深翻土壤40厘米，然后起高垄30厘米，灌水，使垄沟里始终装满水，铺盖地膜，密闭棚、室10—15天，杀死菌核效果更佳。
(3)种子消毒从无病地或无病株上采收的种子，叫无病种子。不是无病种子，要进行种子消毒，可用10%盐水选种，除去菌核后，再用清水反复冲洗种子几次，晾干后再播种。
(4)培育无病壮苗用无病土育苗(无病地不能用有病棚、室的菜苗)，并加强管理，培育出无病壮苗。
(5)栽培防病措施施足经过腐熟的优质有机肥，增施磷、钾肥，提高植株抗病力；采用地膜覆盖，既可提高地温利于芹菜生长，又能阻挡子囊盘出土；或子囊盘出土盛行期进行1次深中耕，及时切断子囊盘，可减轻发病；加强管理，注意放风降湿，创造一个利于芹菜生长，而不利于病害发生发展的环境条件；清洁田园，发现病株及时彻底清除，装在塑料袋内带出田外深埋或烧毁，防止菌核落入土中，以减少病菌在田间传播和越冬菌源。
2．选用无公害农药防治保护地芹菜，发病前，用3．3％特克多烟剂，每666．7平方米每次300克，傍晚密闭烟熏，隔7天熏1次，连熏4—5次。或用45％特克多(噻菌灵)悬浮剂800—1000倍液，隔7天喷1次，连喷3—4次。
