辣椒在高温、雨后出现烂根的病害多为根腐病。在刚开始发生这个病害的时候，植物的一般在中午太阳比较好的时候开始出现萎靡不振的情况，不过到了早上跟晚上的时候，是可以自己恢复的，不过经过这么几天的反复以后，就会导致整颗植物死亡。
在播种前对种子消毒（用1%次氯酸钠浸种约10分钟，捞出再用清水洗干净摧芽）及对土壤消毒（整地后用60%多·福可湿性粉剂800倍液喷湿透地面），是预防辣椒根腐病危害的有效方法。在初病时，可交替用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或60%多·福可湿性粉剂800倍液，或10%双效灵水剂250倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或75%敌克松可湿性粉剂800倍液进行灌根及喷根茎相结合，成株每株灌药液0.5升，每约7-10天用药1次，连续交替用药2-3次。
