1、种子消毒：用护树将军浸种l0分钟，去除种子表面病毒，浸种后要反复冲洗。
2、合理轮作：实行3年以上菜田轮作，尽量避免与茄科作物连作。
3、清除病苗：出苗后，对叶色不正、生长不良、叶片扭曲的幼苗及时拔除；对只有个别叶片发病的病株，及时剪掉病叶。喷施新高脂膜，在清理过程中还要注意手或工具不要触及正常秧苗，避免传染。
4、农事操作应先健株后病株：番茄定植后仍会不断地出现病株，其表现为花叶、小叶、线叶、卷叶、矮化等。在掐尖、绑蔓、打杈、打底叶、采果等农事操作时，应按先健株后病株的做法，以避免手或工具的传毒。有条件的还可以采用完成一行植株农事活动后，用肥皂水或10%磷酸三钠水溶液洗手及农具。
5、及时防治菜青虫：生产上随时观察棚内菜青虫发生情况，一有发生，及时防治，减少昆虫传毒机会。
6、栽培防病：采取半高垄栽培，通过推迟覆膜时间、棚膜上撒泥水、小水勤浇、叶面喷水等措施降低温度，减少光强度。果实挂红时适当早采收，以协调番茄生殖生长与营养生长间的矛盾，增强植株抗病性，达到防病增产的目的。
7、发病初期喷药控制。在发病初期喷药保护，药剂为3.85%病毒必克可湿性粉剂500倍液、或护树大将军500倍液进行叶面喷雾，药后隔7天喷1次，连续喷3次，对番茄病毒病有比较好的效果。还可选用2%宁南霉素水剂200倍液。氨基寡糖素可提高植株对病毒的抵抗力。
