西胡芦根腐病防治上，采取夏天晒垡、高温闷棚的办法。在夏季休闲期，深翻晒垡，并利用夏季高温条件将日光温室用透明薄膜盖严，实行高温闷棚，杀死或钝化根腐病菌。严格进行棚内土壤消毒，可采用五氯硝基苯，或多菌灵+乙磷铝等，一般亩施用药剂2-3公斤。封垄采取集中撒施药剂，可用“根病根除”、“根茎保”、“杀毒矾”等，亩施用药剂量1公斤。
对定植后结合封垄培土同时对西葫芦苗进行一次药剂灌根，可选用“根病根除”600倍、“多菌灵”500倍、“根笔保”800倍药液灌根，交替进行。结果期间视病情，及时进行药剂防冶，可选77%多宁500倍，20%普力克800倍等药剂进行交替喷施。专家提示：病菌以卵孢子或菌丝体在土壤中存活，田间持水量在75％以上，地温15-18℃，最易发病。土壤中病菌从根部伤口侵入，借灌溉水传播蔓延，进行再浸染。高温、高湿利于发病，连作地、低洼地发病重。
