莲藕常见病害主要有腐败病、叶枯病和叶斑病。综合防治方法如下：
1、实行2-3年轮作。特别是水旱轮作对减轻病害有重要作用。
2、选用无病种藕栽种种藕带菌是腐败病发病的主要菌源，预防该病，关键要从无病藕田选择健株作种藕，杜绝菌源，在植藕前，种藕用50%多菌灵或甲基托布津800倍液，或75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷雾后，用塑料薄膜覆盖密封闷种24小时时，晾干后播种。
3、清除病株彻底清除发病藕田病株及病残体，并深埋或集中烧毁。植前每亩施生石灰50-100公斤，既杀菌清洁田园，又可加速有机肥的分解。
4、合理施肥基肥应以有机肥为主，肥料必须充分腐熟。对土壤酸性重、还原性强的土壤中，宜重施石灰，石灰要早施、多施。生长期间注意氮磷酸肥的配合施用，有条件地方应增施硅质肥，提倡补施硼、锌、钼等微肥，切勿偏施化学氮肥，以提高植株抗病能力。
5、科学管水生病期深水灌溉，降低地温抑制病菌繁殖。留种莲田每天保持深水浸泡，切勿排干水和冬翻晒垡。非留种田在采完莲子后一律砍伐荷梗翻耕或挖藕，最好栽上一季冬作物。不种冬作物的也要翻耕灌水浸田，减少土壤及病残体的带菌。
6、及时用药防治。发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液，或50%托布津可湿性粉剂800-1000倍液，或用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液加75%百菌清600倍液喷雾。也可用上述混合药粉500克拌细土25-30公斤，堆闷3-4小时后撒入浅水层莲蔸下，2-3天后再用上述混合剂600倍液或70%甲基托布津800倍液，或多菌灵200倍液混合“402”4000倍液，喷洒叶面或叶柄，连喷2-3次，能有效地减轻或控制此病的蔓延。
