菠萝蜜（树菠萝）开花期是因早熟性或迟熟性的品种而异。早熟品种于2月开花，而迟熟品种一般在4月份开花，而四季菠萝蜜则在2月及7-8月有两次开花期。菠萝蜜的花序着生在树干或枝条上，雌、雄同株异花。雄花序一般着生于顶部或叶腋部，花小，成棒状，只有2片合生的花被和1枚雄蕊，比雌花先开。当雄花成熟时，色泽变深（这可能被人们认为其变黑才能受粉的原因）。
雄花开花时，花丝会伸长将白色的花药推出花序的外围，随风或昆虫附上而到雌花花柱头上完成授粉受精。雄花没有鲜艳的色彩，也没有香昧，不留意是较难察觉其在开花。雌花序多生于树干或主枝上，也呈棒状，比雄花序略大，数千朵小雌花，深藏在佛焰苞托叶内的雌花序轴上。雌花开花时，细长的花柱穿过花被管伸到花序的外围，接受雄性花药而完成受精。这样的授粉受精特性，常令菠萝蜜授粉受精率极低，通常1个雌花序有6000朵以上的雌花，而有效受精发育的果苞一般在150-600朵之间。菠萝蜜雌花经风媒或虫媒授粉后，子房和花被迅速增大，约经100-120天发育而成为聚花果实（复合果）。
