辣椒种子可携带炭疽病、疫病、猝倒病、立枯病、疮痂病等多种病害的病原菌。播种前对种子进行消毒处理，是防治病害简便易行的方法之一。
播种前将种子摊在簸箕内晒1-2天，对增强种子活力，提高发芽率、发芽势，加速发芽和出苗有显著效果。还兼有一定的杀菌消毒作用。用陈种子播种，播前一定要晒种，其效果尤为显著。
种子放入50～55℃热水中，恒温浸种15～20分钟，并不断地搅动，待水温下降时加入热水，使水温保持在50～55℃之间，20分钟后加入冷水降到20～30℃。
用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟后用清水冲洗干净，种子消毒后，放入25℃左右水中。之后在室温下浸泡12小时左右，然后进行浸种催芽。
浸种催芽
播种时气温和床温较高的，如立冬前播种一般直接播干籽。相反的，寒冷季节播种，为加速出苗，一般先行浸种催芽。但催芽后的种子播入苗床中若遇上寒潮，在较长的一段时间内气候寒冷，苗床又无加温设备的话，则可能烂种，缺苗。而播干种子比较安全，不易烂种。因此，江南地区在冬季播种，一般也不催芽而播种。电热
温床则先浸种催芽。不同的辣(甜)椒品种浸种时间有所不同。一般辣(甜)椒浸种时间应达8-10小时。种子浸入水中后搅动，去除浮子，并搓洗掉种子表面的污染物。再换清水浸泡达预定时间。然后，沥干水用布包起来放在25-30℃的地方催芽。可用恒温箱催芽。没有这种设备的可用电灯的热能(简易催芽纸箱)炉灶的余热，或放在盛半瓶热水的保温瓶中、或发热的堆肥中催芽。少量种子也可用湿布包好，再包一层塑料薄膜，放在贴身的衬衣袋里或孵鸡窝里，利用体温催芽。催芽过程中要经常翻动，种子过干时，可用温水浸润。注意防止高温烫伤种子。若温度过低，时间长了种子上有霉菌发生，须用温水把种子淘洗干净继续催芽。一般经过5-7天，大部分种子露白即可播种。
