1.化学消毒。将化学药剂撒入土壤（基质）中，并与土壤混匀，然后用塑料膜将土壤封盖，关闭棚室，一定时间以后，打开棚室，揭去塑料膜，通风7-10天（盛夏时，3-4天）即可种植。土壤消毒可选择的化学药剂有甲醛、氯化苦、福美双、五氯硝基苯等（各药剂使用方法见产品说明）。化学消毒要求土壤温度不可太低，否则化学药剂的效果会下降。注意不宜用甲基溴化物进行消毒，因其毒性大，土壤残留时间长。化学消毒由于其总体成本低，操作灵活（规模可大可小），被很多种植者采用。
2.太阳能消毒。在日照充足、气温较高的地区，尤其是在夏季，将土壤或基质用塑料膜封严，关闭棚室，曝晒数日，可起到很好的土壤消毒作用，且成本极低。
3.水淹法消毒。适用于水源较为充足的地区，其原理是通过水淹排除土壤中的空气，从而使土壤中的有害菌类和害虫因缺氧而死亡。消毒前将土地整平，然后灌水将土地全部淹没，直到土壤表面积水为止。淹水一周以后将水放掉，即可达到杀灭土壤病虫的效果。