甜椒、辣椒根腐病多发生在定植后缓苗不久的植株上。起初病株白天枝叶萎蔫，傍晚至次晨恢复，反复多日后病株地上部枝叶渐至萎蔫、枯黄，多倒伏而死。病株茎基部及根部皮层呈淡褐色，湿腐状，极易剥离露出暗色的木质部，病部一般仅局限于根及根茎部。高温高湿有利于该病的发生。
防治方法：
1、选抗病品种
2、种子处理。用次氯酸钠浸种，浸种前先用0.2%~0.5%的碱液清洗种子，再用清水浸种8~12小时，捞出后置入配好的1%次氯酸钠溶液中浸5~10分钟，冲洗干净后催芽播种。也可先用凉水预浸1~2小时，然后用55℃温水浸10分种，再放入冷水中冷却，然后再催芽播种。
3、合理轮作。重病田与非茄科、瓜类蔬菜进行3年以上轮作。
4、加强栽培管理。根椐品种特性、水肥条件合理密植，必要时适当彩轻型栽培；定植后，合理灌水，防止大水漫灌，并及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育；棚室要及时通风排湿，避免高温高湿；雨后及时排水；及时清除病株；粪肥要充分腐熟，化肥做基肥要适量，避免烧伤根系，以提高植株抗病免疫能力。
5、药剂防治。发病初期喷淋或灌50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或10%双效灵水剂200~300倍液，或75%敌克松可湿性粉剂800倍液，或5%菌毒清水剂250~300倍液，或3.2%克枯星水剂500~700倍液，每隔10天左右施药1次，边疆喷淋或灌2~3次。
