秸秆经铡细或粉碎后直接翻入土壤，不仅可有效地改善土壤理化性状，增加土壤中的有机质含量，而且能增强土壤微生物活性，提高土壤肥力，有利于作物高产。
然而，一些地方由于秸秆还田的方法不当，也出现了一些不容忽视的问题，如秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长，作物出苗不齐，有的使幼苗扎根不牢，甚至出现吊根、死苗现象；秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或经越冬后到来年发生，以致病虫害呈发生加重趋势；易发生“生物夺氮”现象，即土壤微生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺氮素养分的矛盾，严重时还会造成黄苗、弱苗，最后导致减产。
因此，为提高秸秆直接还田效果，规避秸秆直接还田可能出现的各种不利因素，应用中应注意以下几点。
要控制秸秆直接还田数量。秸秆直接还田数量一般以每亩以100～150千克的干秸秆或350～500千克的湿秸秆为宜。可铡成10~15厘米长，铺撒于田中，翻压于土壤10~15厘米内。铡草长度以15厘米为宜，大于20厘米难翻压，小于10厘米花工多，机耕可以铡或不铡。玉米、小麦、油菜收割时，采用秸秆还田机（粉碎机）秸秆还田最理想。秸秆高留桩还田的，如水稻等在前作收割时，留桩控制在12~24厘米，以达到翻耕时使其完全埋压于犁坯下的效果。
要忌避连作重茬。秸秆直接还田后进行连作，病虫害的发生比常规连作更严重，如麦秸还田后春小麦根腐病和全蚀病都加重发生；春大豆秸秆还田后茬秋大豆根腐病和蚜虫发生率明显提高等。因此，凡进行秸秆直接还田的，一方面要严格实行轮作换茬；另一方面对有些害虫，在秸秆直接还田过程中还要注意及时用药进行有效防治。
化学除草时要适当提高有效剂量。秸秆直接还田可以增强土壤微生物活性，但又相应加快了除草剂等在土壤中的降解速度，缩短了药剂的残效期。因此，在秸秆直接还田的土壤中实施化学除草时，特别是播前施用除草剂时，其有效施用剂量应适当提高。
要适当补充土壤水分。土壤墒情好，水分充足，是保证微生物分解秸秆的重要条件，秸秆还田后因土壤更加疏松，需水量更大，故要早浇水、浇足水，为微生物活动创造一个合适的生态环境，以利于秸秆充分腐熟分解。
要科学增施氮素化肥。水稻、小麦、玉米等禾本科作物秸秆的碳氮比为80∶1~100∶1，而土壤微生物分解有机物需要的碳氮比为25∶1~30∶1。表明秸秆直接还田后需要补充大量的氮肥。否则，微生物分解秸秆就会与作物争夺土壤中的氮素与水分，不利于作物正常生长。因此，秸秆直接还田后要及早增施氮肥，以小麦为例，每亩（生产500千克籽实）要比没有实行秸秆直接还田的增施尿素20～25千克（可每亩用15-15-15复合肥100～150千克作底肥），才可使秸秆直接还田发挥应有效率。
