基肥既可保持棉花根际周围营养平衡，有利根系生长，提高吸肥能力，又能满足整个生育期对肥料的需求。一般亩施腐熟有机肥2000-3000公斤，45%复合肥30-50公斤，锌、硼肥各1-2公斤。可结合深耕整地施入土壤。
棉花追肥能提供各个生长期所需的营养，追肥应根据棉花生长发育特性分几次进行。具体追肥可分如下几次：
苗肥：追施苗肥，可以促进根系发育，培育壮苗。对于地力差、基肥不足、长势弱的棉田，每亩追施尿素或高氮复合肥5-10公斤。对于肥力高、基肥足的棉田，可以不追施苗肥。
蕾肥：棉花现蕾后对养分的需求逐渐增加，蕾期合理追肥，能够满足棉株发棵的需要，协调营养生长与生殖生长的关系，促进植株稳健生长。一般在棉花现蕾初期亩追施45％复合肥15-20公斤。追肥方法以开沟深施为好，并与棉株保持适当距离，避免伤根，影响正常生长。
花铃肥：花铃期是棉花需肥最多的时期。一般亩施尿素10-15公斤或45%复合肥20-30公斤。对地力差、基肥少、长势弱的棉田，可适当早施，在棉株开花达80％以上，并坐住1-2个幼桃时进行追施，追肥方法以条施为宜。
根外追肥：一般于打顶前后进行根外追肥，对缺氮或早衰棉田，每亩喷施1％尿素溶液50-75公斤，5-7天一次，连喷2-3次。对缺磷、钾或旺长贪青晚熟棉田，每隔7-10天喷一次0.2％磷酸二氢钾溶液，连喷2-3次，以达到后期不黄叶、不落叶、不早衰、高产优质的目的。
