一、育苗营养土的配制
种胚繁殖因去掉了种瓜这一重要的营养来源，因此，对营养土的养分含量要求较高。配制时按种瓜繁殖法加足量的有机肥外，还要施以复合肥料如磷酸二铵等，其加入量为每百千克土掺磷酸二铵400克。此外，由于种胚繁殖法失去了种瓜这一重要的水分来源，营养土中水分含量也应适当提高，一般掺水将调至含水量15%左右。
二、佛手瓜浸种催芽
佛手瓜在种胚繁殖过程中，胚体的大小和早期发根、长芽的状况对种苗质量也有显著影响。一般是胚体大而壮，育成的种苗生长旺盛，幼苗质量好。因此，种胚繁殖的第一步要精选生长期足够长、较重的种瓜，以取得大而壮实的胚体。
佛手瓜采用种胚繁殖所用的种胚都是要先经过浸种催芽，让其细根、胚芽发育到一定程度才可以应用。胚芽尚未萌动的种胚，易形成弱苗或不出苗，不能应用。种胚催芽前，先将种瓜在25%可湿性多菌灵800倍液中浸泡5分钟，以杀灭表面的有害微生物。然后将消毒的种瓜套上塑料袋，置于20℃~25℃条件下催芽，大约15天后种胚就会长出白色幼根数条，胚芽也有1~2厘米长，就可以取胚装钵了。也可以浸种后用手掰开种瓜，轻轻取出种胚，然后将种胚用4层湿纱布包起，放在20℃~25℃恒温培养箱中进行催芽。
三、装钵
取已发根长芽的种瓜，两手轻轻掰瓜顶缝合线裂口处，随着裂口的增大，再用镊子轻轻拔动子叶，待整个子叶活动时，将胚全部取出，整个操作过程中要防止碰伤幼根和胚芽。取出的胚最好立即入钵育苗，以防种胚失水干缩而造成生命力减弱甚至死亡。如果不能立即入钵，则必须在保湿条件下，10℃左右暂时保存，但保存期一般不应超过20天。对先取出并于恒温箱中催芽的种胚，待幼根和胚芽长出后要立即入钵育苗，以免种胚间过长的幼根互相穿插、交织，给分开增加困难。
装钵时，先在营养钵中装入约1/2高度的营养土，稍压实后将发芽种胚轻轻放于土面上，注意尽量让根系向下，胚芽朝上。其上再覆土5厘米左右并稍加压实即成。如用塑料袋代替营养钵，要检查袋中、下方是否扎有小洞，利用袋上小洞保持通气透水能力十分重要，不可忽视。
四、佛手瓜育苗期管理
佛手瓜采用种胚繁殖法的温度调节原则与种瓜大致相同。通过温度调节，前期促出苗，中期让种苗健壮、旺盛生长，后期接受低温锻炼为移栽打好基础。种胚繁殖法的肥水管理有自己的特点。
由于这种方法去掉了种瓜，虽然营养土中已经增加了水分含量，在育苗前期管理中也要适当增加浇水次数，以满足种苗生长发育需要。在施肥上，由于种胚繁殖仅靠子叶供应种苗初期所需养分，因此除营养土中增加速效性化肥外，在整个育苗期也要适时追肥，以促使种苗健壮生长。具体可以在中、后期用0.5%尿素各进行1次叶面追肥，效果很好。如能再喷布1次0.1%磷酸二氢钾则效果更好。
佛手瓜育苗期的光照和通风条件也要注意细心调节，因为光照不足、通风太少的情况下，种苗生长细弱，叶薄而色淡，移栽后缓苗时间长，对定植后前期生长不利。一般种胚繁殖法育苗较之种瓜繁殖要求更充足的光照条件。
