首先，实行轮作倒茬。根据不同蔬菜作物的要求，间隔一定时期再种植，最好进行水旱轮作，如辣椒腾茬后种一季水稻或者栽植水生蔬菜莲藕等。轮作对防治土传病害效果好。
其次，采用嫁接栽植。利用耐（抗）病砧木嫁接栽植，提高蔬菜的抗病性。西瓜、黄瓜、番茄、茄子常遭黄萎病、枯萎病、根腐病、青枯病等致命性病害的危害，一旦发病，面临绝产。嫁接能很好地防止这些病害的发生，据测定，嫁接后西瓜、黄瓜、番茄、茄子病害发生率几乎为零，而未嫁接的西瓜种植3年的发病率为90%，黄瓜种植3～5年后发病率为30%～50%。
再次，进行药剂消毒。大棚蔬菜腾茬后，对棚内进行药剂消毒也有较好的效果。如防治真菌性病害可选用30%土菌消500～800倍液喷淋，也可用根腐宁或恶霉灵500～1000倍液喷淋或按每667平方米用药3～5千克拌适量细土均匀撒施。防治青枯病、软腐病等细菌性病害，可选用80%水合霉素1000倍液、72%农用链霉素3000～5000倍液或络氨铜适量喷淋。用这些药剂进行土壤消毒应在播种前进行。
最后，盛夏时期进行高温闷棚。高温闷棚是一种预防蔬菜重茬病害经济有效的方法，即利用太阳能高温处理，消毒灭菌。具体方法是每年6～9月的高温阶段，一般在7月上旬至8月下旬进行。利用两茬作物种植的间隔期，或结合换茬的整地施肥进行，杀死基施有机肥中的病菌，成本低、污染小、操作简单、效果好。可按以下步骤进行：
一是整地施肥。结合精细整地施入农家肥，可提高和维持地温，消毒效果更好。地整好后做垄或做高低畦，使地膜与地面之间形成一定空间，有利于提高地温。
二是灌水。土壤含水量与消毒果密切相关，含水量过高，不利于提高地温，含水量过低，杀菌效果不佳，以田间最大持水量60%时灭菌效果最好。
三是药物处理。把氯化苦注射到畦内，每50平方厘米挖一个穴（深10～15厘米），每穴注4毫升，然后盖上地膜。在密闭大棚前对棚内物体表面喷施一次杀菌剂和杀虫剂。
四是密闭大棚，利用大棚膜和地膜进行双层覆盖。据测定，闷棚期间温室内温度可达52℃以上，地表下10厘米处最高地温可达70℃，20厘米处可达45℃，杀菌率可达80%以上。绝大多数病菌如菌核病、立枯病、黄萎病、疫病等病菌不耐高温，经10天左右热处理即可杀死，而根腐病、根肿病和枯萎病等土传病害，分布在较深土层中，必须处理30～50天才能收到较好的效果。
