目前，影响温室甜瓜产量的一个重大问题就是烂瓜。通常当甜瓜长到鸡蛋或拳头大小时，就会出现不同程度的腐烂，导致产量下降，虽然投入了很多的人力、物力，但却不能获得丰收，给瓜农造成了很大的经济损失，同时也阻碍了甜瓜生产的健康发展。
经过研究分析找出了甜瓜烂瓜的原因，导致烂瓜主要是因为通风不畅、排湿不良，且灌溉时间不合理，或灌溉后没有及时通风，室内湿度过大。其次是棚内病原菌积累较多，瓜农连年重茬种植，又不重视棚内消毒，当温室内的温湿达到一定条件时易出现烂瓜。另外，加上栽培管理技术不合理也是造成烂瓜的一个因素。那么怎样防治烂瓜呢？
首先瓜农在挑选瓜种时，应该选择那些适销对路、抗病能力强的优质良种。然后在栽培期间对其进行科学合理的灌溉和施肥。在植株定植缓苗后坐果前，当团棵至蔓长40厘米时应该控制灌溉水量，适时进行蹲苗，促进根系下扎，然后沟灌一次透水，以便给植株健康生长提供充足的水分。该阶段为了给植株提供一个适宜的生长环境，还应减少肥水供给。
另外，还要保持室内空气流畅，及时进行通风，避免室内湿度过大。当对植株进行灌溉后，应及时通风，以便保持室内的湿度适宜，促进植株健康生长。切记通风的风口大小要适当，温度不宜过高或过低，一般白天要低于35℃，最佳温度为28℃～32℃，尽可能降低棚内空间湿度，湿度越低越好。
还可以采取一定的技术手段，提高甜瓜的抗病能力。注意灌溉时期以及灌溉量，为了降低病害的发生率，在开花授粉期要停止灌溉。当瓜长到核桃或鸡蛋大小时对其进行灌溉适宜的水，为了保持较低的室内湿度环境，防止病菌浸染，灌水后应该及时进行通风。
此外，遵循预防为主，综合防治的原则，还可对甜瓜进行喷施农药。采用吡效隆等植物生长调节剂蘸花时，在吡效隆溶液中加入几滴农用链霉素；在对甜瓜进行灌溉前后及时喷保护性杀菌剂（大生-M45、品润）进行预防，当病害发生时要及时用药防治。但注意在授粉期或其后10天内，要谨慎用药，避免幼瓜受到损伤。在植株生长中后期，可以使用可杀得2000或进口甲托等杀菌剂喷雾防治。
