洋葱苗床秋季整地施肥好于春季，可以提高秧田土壤的熟化效果，增加土壤养分的释放能力和保水性，减轻秧苗病虫危害的程度。
洋葱苗床在秋天，先将基肥撒在床面，然后进行耕翻，深约20厘米，使土壤与肥料充分混合，最后用耙子搂平，以备来春作畦播种。一般每667平方米施充分腐熟的有机肥1000-2000千克，或生物颗粒有机肥60-80千克，同时混施氮、磷、钾各含15％的硫酸钾型复合肥35千克。
有机肥又名农家肥，就是农民就地取材制成的自然肥料。这类肥料是以有机物质为主的，所以叫做有机肥。常用的有机肥有人粪尿、畜禽粪便、厩肥、高温堆肥、沼气肥、饼肥、骨粉、草木灰等。
供给洋葱多种养分。有机肥是完全肥料，不仅能供给洋葱氮、磷、钾等各种大量营养元素，而且能供给钙、镁、锌等多种微量元素，是理想的天然复合肥料。
提高土壤保肥能力。有机肥中含有大量有机质，在土壤中经过微生物的分解，产生一种有机胶体，其表面带有大量负电荷，能吸附土壤中带有正电荷的铵、钾、钙、镁、锌等各种养分离子，使它们难以淋溶失掉，这就产生了土壤的保肥能力。施有机肥越多，土壤有机质含量越高，土壤的保肥能力也就越强。
提高土壤保水能力。有机肥和土壤有机胶体，能吸附大量水分，土壤有机质含量越高，土壤的蓄水能力越强，所以土壤有机质素有地下水库之称。
改善土壤通透性。有机肥可以促进土壤团粒结构的形成，对通透性不良的黏性土壤，可使黏土孔隙增多增大、黏性降低，改善其通透性和透水性；对通透性过强的沙性土壤，可以增强沙粒之间的黏结力，减少土壤孔隙，控制过量渗透，防止漏水跑肥。
提高土壤缓冲作用。因为土壤有机质带有负电荷胶体，能吸附大量阳离子，当土壤酸度过大时，它能吸附阳离子，使土壤酸度降低；当土壤碱性过大时，它能中和氢氧离子，使土壤碱性降低。土壤有机质含量越高，这种缓冲作用越大。所以，增施有机肥对防止洋葱酸碱危害，具有良好作用。
提高土壤解毒作用。由于有机肥在土壤中形成的腐殖质能吸收和溶解某些农药，并能与重金属形成溶于水的络合物，使其随水排出或下渗，从而能有效地降低农药残毒和重金属污染。