甲基硫菌灵一般能与吡唑醚菌酯、甲霜灵、克百威、嘧菌酯等药剂进行复配，但不能与碱性以及无机铜制剂混用，而且不能长期与同一种药物混用，也不能在同一种作物上长期单一使用甲基硫菌灵，避免产生抗性。甲基硫菌灵需要与其他药剂合理轮用，未使用时需要把它储存在阴凉干燥的地方。
一、甲基硫菌灵最佳复配
1、甲基硫菌灵一般能与吡唑醚菌酯、甲霜灵、克百威、嘧菌酯等药剂进行复配，在复配时需要控制药剂的剂量，按照使用说明来执行，不能过多或者过少，避免产生药害或者使用无效。
2、甲基硫菌灵一般不能与碱性、无机铜制剂混用，通常不宜长期在一种农作物上单一的使用甲基硫菌灵，因为容易产生抗性，也不能与同一种药物经常混用，应与其他药剂合理轮用。
3、因为甲基硫菌灵对鱼类有低毒，因此使用过甲基硫菌灵的药具不能放在河塘水体中清洗，避免污染水源。在贮存时需将该药剂放置在阴凉干燥的地方，应远离火源，防潮湿以及日晒。
二、甲基硫菌灵的作用与使用方法
1、作用
（1）甲基硫菌灵属于低毒杀菌剂，具有内吸、预防和治疗的作用，能够预防炭疽病、褐斑病、花腐病、霉心病、褐腐病、黑星病、白粉病、锈病等多种作物的病害，持续期一般在7-10天，常将它用在苹果、梨、甘薯、甜菜、茄子等作物上。
（2）甲基硫菌灵特别的地方在于，将它喷在作物的表面上时可被快速吸收，随后在植物体内经过一系列的化学反应后转变成多菌灵，对病原菌的细胞分裂造成一定的影响，使病菌不能正常生长，从而达到杀菌的目的。
2、使用方法
（1）用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800-1000倍液喷雾一般能防治褐斑病、枯萎病、蔓枯病病害。
（2）采收水果后，用40%甲基硫菌灵悬浮剂400-600倍液浸果2-3分钟，随后捞出晾干并装框，一般保鲜期可达15天以上。
（3）在播种前，可用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂50g，加水2500g浸种10分钟一般能防治花生立枯病等病害。
