农家肥主要指厩粪、大粪、尿肥等，是当前农业生产的主要肥料，几乎每个农民每年都与这些农家肥打交道。但是，在这些农家肥料中，含有很多致病菌和寄生虫卵，在施用过程中，如不注意卫生，就容易感染和传播疾病。在施用农家肥的过程中要注意以下几点：
1、施用人畜粪便作肥料时，事先必须做无害化处理。据检测，未经无害化处理的粪便每克中就有100万———4亿个细菌。
2、取用深窖中的贮粪时，事先必须开窖通风数小时。因为在深窖中贮粪或发酵有机肥料时，会产生硫化氢，在不通风的情况下能聚积到相当高的浓度。如取粪前不采取通风或其他防护措施，而冒然入内，可引起中毒，甚至死亡。
3、注意个人卫生。在施用农家肥时，不要用脏手揉眼睛、掏耳朵和挖鼻孔，更不要吃东西。收工后一定要用肥皂或清水洗净手，妇女给小孩子喂奶前更应把手洗干净。
4、加强个人防护。施用较干的粪肥时，可洒上水或掺上一些湿土，以防粪末飞扬。另外亦应戴口罩，穿长袖衣裤，防止病菌从呼吸道、皮肤侵入体内。