芹菜软腐病是一种常见的细菌性土传病害，一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。发病适温25～30℃，雨水多或浇水过勤、湿度大、伤口多时易发病。重茬地、低洼地、排水不良的地发病重。防治芹菜软腐病，可采取以下措施：
1、实行两年以上轮作。选用抗病品种，无病土育苗。播种或定植前早耕翻整地，改进土壤性状，提高肥力、地温，促进病残体腐解，减少病菌来源。
2、定植、松土或锄草时避免伤根，防止病菌由伤口侵入。培土不要过高。雨季注意排水，发病期尽量少浇水或停止浇水。一旦发现病株应及时拔除，病穴用1∶20的福尔马林消毒或换客土，也可撒一些石灰给土壤消毒。
3、用农抗751粉剂或丰灵可溶性粉剂，按种子重量的1%拌种后播种，或用2%农抗751水剂100倍液15毫升拌200克种子，晾干后播种。
4、在播种沟内，每亩用2%农抗751水剂5公斤或丰灵可溶性粉剂1公斤，加水50公斤，均匀洒在芹菜地的垄沟内。
5、苗期用丰灵可溶性粉剂500克，加水50公斤，灌根和喷洒叶柄及基部，或在浇水时，每亩随水加入农抗751水剂2～3公斤。
6、发现病株及时挖除，并撒入石灰消毒，在发病前或发病初可啧洒72％农用硫酸链霉素可湿性粉剂或新植霉素3000～4000倍液、14％络氨铜水剂350倍液、敌克松原粉500～1000倍液、50％代森铵600～800倍液、95％醋酸铜500倍液、氯霉素200—400×10—6，隔7—10天1次，连续防治2～3次，注意喷药时应以轻病株及其周围植株为重点，喷在接近地表的叶柄及茎基部上。