使用硫酸铵，在淹水条件下，土壤会严重缺氧，硫酸铵施用后，其中的硫酸根离子会被还原成硫化物。硫化物浓度积累过高可使植物根系受害而死亡。
在施用硫酸铵时应注意：⑴尽量不要将硫酸铵施用在水田里。⑵硫酸铵属于酸性肥料。长期施用能提高土壤的酸性，因此在南方酸性土壤上施用时应注意配合施用草木灰或磷矿粉、钙镁磷肥等。在北方石灰性土壤上施用为防止土壤中的钙离子与硫酸根结合生成难溶性的硫酸钙(石膏)，引起土壤板结，应注意配合施用有机肥料。⑶硫酸铵可以用作种肥、基肥和追肥。作种肥时施用量不宜过大，控制不要超过每亩3公斤。
