黄瓜、尤其是大棚黄瓜易受到多种病害的危害，其中发生最普遍、危害最重的病害主要有霜霉病、灰霉病、枯萎病，这些病害既影响黄瓜品质，又造成产量大幅度降低。
霜霉病：主要危害叶片，流行速度快，在适宜条件下，一两周内即可使大部分叶片枯死，减产高达30%-50%。其防治措施是：①生态防治：通过控制大棚温湿度来预防病害的发生。具体操作是：日出后使棚温迅速上升至25-30℃，湿度降低到75%左右，下午及时放风，使温度保持在20-25℃，湿度降到70%左右。②化学防治：可选用40%乙磷铝-锰锌可湿性粉剂200倍液、75%百菌清可湿粉剂600倍液或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液进行防治，也可用45%百菌清烟剂熏棚，方法是：百菌清烟剂200-250克/亩，傍晚收工后闭棚，分几堆点燃，第二天早晨通风，每隔7-10天熏一次。
灰霉病：主要危害幼瓜，并迅速扩展至整个瓜条，严重时减产在30%以上。其防治措施为：①物理防治：加强棚内温、湿度管理和肥水管理，及时清除病残体，发病后及时摘除病花、病叶，并带出棚外深埋。②化学防治：发病初期，可喷施50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液或28%灰霉克可湿性粉剂500倍液等，每隔6～7天用药1次，连续防治3～4次。
枯萎病：一种重要的土传病害，黄瓜发病率一般为10%-20%，严重时可达80-90%。防治措施如下：①农业防治：采用高畦覆膜或滴灌栽培法，生长前期及发病后，适当控制浇水，加强通风透光，降低棚内湿度，减少棚顶及叶面结露。②化学防治：在发病初期喷药，可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液或70%敌克松可湿性粉剂1000倍液灌根，每7天灌1次，连灌3次。
