一、生理性病害
1、菌丝疯长：菌丝表层气生菌丝浓密，影响出菇。形成菌丝疯长的原因主要是空气湿度大，通风不良所致。防止办法，加强通风，降低湿度即可。
2、平菇的大脚菇：子实体菌盖极小，菌柄粗长。这主要是缺氧、通风不良造成的。只要加强通风，注意光线即可防止。
3、平菇枯萎：菇蕾或子实体生长停滞，逐步萎缩、变干枯死、腐烂。发生的原因主要是水分不足，通风过大。防止办法，增加空气相对湿度，不使料面干燥，通风时切勿让风直吹菇蕾或子实体。
4、平菇药害：子实体喷药后（敌敌畏），菌盖停止生长，边缘形成一条黑边、翻卷。要禁止使用一些有害的农药。
5、锈斑：平菇菌盖、菌柄上产生锈褐色斑点。发生的原因，主要是通风不良、湿度过大形成的。防止办法，加强通风，降低湿度。
二、浸染性病害
平菇常见的病是干泡病（褐斑病），主要危害其正常生长。其症状为子实体表面产生白色绒毛状菌丝，出现褐色斑点，菌盖萎缩、干裂。
防治办法：降低温度，加强通风。病区喷2％甲醛液或1：500倍多菌灵。
