无土育苗的灌溉方法是与施肥相联结的，机械化育苗可采取双臂行走式喷水车进行灌溉，每个喷水管道臂长5米，部署在育苗温室中间，用轨道移动喷灌车，可主动来回喷水和喷营养液。
作物不同，对营养液中含有的化学元素恳求也不同。实验证实，叶菜类最佳育苗配方（毫克／千克）为：氮140—200，磷70—120，钾140—180；茄果类育苗的最佳配方（毫克／千克）为：前期，氮140—200，磷90—100，钾200—270；后期，氮150—200，磷50—70，钾160—200。使用复合肥，当幼苗子叶长出后，以浓度为0。1％的氮磷钾复合肥（15—15—15）进行叶面喷肥，到1片真叶以后改为0。2％—0。3％浓度喷肥，幼苗生长良好。
育苗期的灌溉还因季节而不同，夏气象温高，每天喷水2—3次，每隔1天喷肥1次，冬季气温低，2—3天喷1次，能够采取1次喷水，1次喷肥的方法，效果较好。
此外，据北京市海淀区实验，可改良基质配方进行育苗，主要是在基质中掺入适量复合肥作为底肥，喷灌清水来灌溉育苗，相对省工省力，并有利于出苗及壮苗。
