水稻抽穗前后是水稻穗瘟、纹枯病、稻曲病等病害的发生危害期，需要使用化学农药防治，但在此生育期施用烯唑醇、戊唑醇、丙环唑、三唑酮、己唑醇等唑类杀菌剂有抑制生长的作用，如果用药选择不当易造成药害，引起水稻产量损失。
水稻抽穗前，当田间有稻瘟病、白叶枯病危害时，有的农户会用三唑酮(粉锈宁)防治，三唑酮类杀菌剂能抑制真菌体内单加氧酶的活性，破坏麦角甾醇生物合成，导致细胞膜损伤而死亡。三唑酮类杀菌剂也能抑制植物体内赤霉素生物合成，使促进细胞伸长的赤霉素不能合成，从而使植物矮化，叶片、果实短小。因此使用不当，会导致水稻叶片短小、严重时不能抽穗。15%三唑酮可湿性粉剂亩用量超过60克，就会对水稻生长造成明显的抑制作用。
在水稻破口期或破口抽穗初期防治水稻纹枯病，使用含烯唑醇成分的农药后，药剂超量，容易出现抽穗困难，或者穗子抽出一半就会停止的现象。大面积水稻出现不同程度的药物反应，水稻穗颈节间生长受到影响，出现“包颈”现象，不能正常抽穗。可以施用井冈霉素等对水稻生长抑制作用小的药剂。
水稻抽穗前后慎用咪唑类杀菌剂，戊唑醇、烯唑醇、已唑醇、丙环唑等咪唑类杀菌剂会抑制水稻体内赤霉素的形成，在水稻上部节间拔长期使用，特别是加量使用时，可能抑制节间拔长，导致抽穗困难，影响水稻灌浆结实。
水稻抽穗前后禁止使用除草剂，有的农户用草甘膦等除草剂喷施田埂边杂草，喷施不当误将草甘膦施入杂交稻田，可导致水稻大面积受害，成片稻田不能正常抽穗，产量损失80%~100%。草甘膦属内吸传导型灭生性除草剂。幼穗分化部位易产生药害，造成心叶枯死、幼穗畸形等症状。
