去除杂质玉米收获时往往含有较多的未熟粒、破碎粒、糠屑及穗轴碎块等杂质，吸湿性强、呼吸量大、带菌量多、孔隙变小，容易积聚湿热导致发热生霉和虫害，所以玉米收获后必须过筛除去杂质再入库贮藏，以确保安全贮藏粮食。
干燥降温安全贮藏玉米必须控制好水分和温度条件，根据实践，玉米含水百分之12.5，温度35摄氏度左右，一般能安全贮藏。
玉米收获后应充分暴晒或烘干处理，使其达到安全水分标准。贮藏中应注意通风散湿，新收获的玉米更应保持干燥和低湿条件，才能确保安全。采用双低贮藏，低湿密闭投入、低剂量磷化铝片与自然降氧贮藏效果良好。
防治病虫用塑料薄膜压蒸或密封降氧贮藏不仅可防虫，同时防湿防毒效果亦好。对已经生虫的玉米可用过筛或药物熏蒸法防治。玉米颗粒大，一般害虫躯体小，采用6孔每寸筛除虫效果可达百分之80以上。用磷化氢药剂熏蒸费用低，杀虫也比较彻底。北方地区多利用冬季寒冷低温处理，将粮温降到0摄氏度以下，趁冷密封，对防治甲虫和蛾类幼虫效果良好。
