通过选用良种、合理轮作、采用科学栽培管理措施来提高莲藕本身抗病虫抗逆能力，健身防病是无公害莲藕生产的重要手段。
①选用优良抗病品种：
选用莲藕中对重要病害有抗性的抗病品种。
②严格育苗场地和栽培场地的清理与消毒：
前茬作物结束后要及时清除前茬作物的残株及烂叶，这些残留物是病虫的传播媒介，应严格清理和消毒。
③种藕消毒：
很多真菌病害可由种藕带菌而传播，种植前进行种藕消毒，如药剂拌种、药液浸种等方法，能够减轻或抑制病害发生。但无公害莲藕生产应以物理消毒为主。
④实行轮作、间作、套种：
合理轮作能调节地力，有利于莲藕的生长发育，增强抗逆性，尤其对土传病害防治效果较好。
⑤深翻晒伐整地，施足腐熟有机肥：
深翻可促进病残体在土壤腐烂，并将地下病菌、害虫翻到地表结合晒伐可减少病源、虫源。深翻还可使土层疏松，有利于根系发育。腐熟有机肥可改善土壤结构，避免沤根，减少病害发生。
