防治冬瓜病虫害首先使用生物防治法，严禁使用高毒高残留化学农药。每种高效低毒化学农药每季冬瓜只能使用1次，并确保采收前的安全间隔期。
（1）枯萎病：用5％菌毒清水剂250倍液灌根，每株用0.25千克药液，7天1次，连灌3次。
（2）蔓枯病：可用粉尘法、烟雾法或用75％百菌清可湿性粉剂600倍液，或10％世高水分散颗粒剂0.75～1.2千克/公顷，加水喷雾。
（3）炭疽病：用5％百菌清粉尘剂15千克/公顷喷粉，或用45％百菌清烟雾剂3.75千克/公顷，分75～120堆，于傍晚暗火点燃，闭棚室过夜；也可用2％武夷菌素水剂200倍液，或80％炭疽福美600倍液喷雾，7天1次，连喷2～3次。
（4）疫病：发病初期，用64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液、40％乙磷铝200倍液交替使用，7天1次，连续防治2～3次。
（5）病毒病：在防治蚜虫的同时，发病初期用5％菌毒清250倍液，或20％病毒A可湿性粉剂500倍液喷雾，7天1次，连喷3次以上。
（6）蓟马：用10％吡虫啉可湿性粉剂1500倍液，或1.8％阿维菌素乳油3000～4500倍液喷雾防治。
