种子处理是很重要的防治农作物病害的措施。其作用在于防止在播种的时候把病原带到田间，以预防幼苗受侵害。水稻恶苗病就是种子带病导致，于幼芽期侵入引起病害。当见到水稻发病后，目前还没有办法防治或减轻发病，播种前进行种子消毒处理，才能预防和控制恶苗病的发生为害。
种子处理方法：
1、晒种
将所需种子在太阳下晒一日至二日，以保证种子能快速吸水，吸够水。
2、盐水选种
目前种子经营商有小包装种子销售，种子净度不高，瘪粒或不饱满的种子仍然存在。这些种子或发芽率不高，或能发芽但苗不壮，在播种前必须进行选种处理，除去籽粒不饱满的种子，提高种子质量，以保证播种后苗全、苗齐、苗壮。其方法是：在清水中加盐搅动，能浮起鸡蛋，鸡蛋露出水面5分钱硬币大小即可，倒入水稻种子，搅动几下，打捞出漂浮的种子，剩下的即为饱满的种子，用清水洗净，进入药剂消毒处理。
3、药剂消毒处理
将上述洗净的稻种，倒入45%咪鲜胺水剂2000—3000倍的液体中，浸泡72小时（旱育秧用2000倍液，水育秧用3000倍液），液体要高出种面5-10厘米，捞出用清水冲洗干净即可催芽播种。
