在热带和***带地区，佛手瓜为多年宿根性攀缘植物。种植二三年后，可形成块状块根。块根皮黄褐色，肉白色，质嫩多汁，淀粉含量高，味道鲜美，可作食用。但在炎热地区，因夜间呼吸作用强，养分积累少，很少产生块根。
在温带地区，佛手瓜一般不能自然越冬，成为一年生植物，其根系为弦线状须根型，其主要功能是吸收水分和无机盐，并将它们输送到植株的地上部，以供生命活动的需要。
佛手瓜在其种子萌发时，瓜的先端裂开，胚根随即挤出果外，胚根初发时为肉质白色，其上着生多条肉质白色的须根。随着植株的生长，须根逐渐加粗伸长工，形成半木质化的侧根，其上还能再分生二次侧根。这些侧根即粗又长，多数向土层四周波状横展，少数斜伸入土中。
佛手瓜的根系极为发达，一年生侧根可达7~10米，植株周围直径3~4米的范围内均有较多的根系分布，且其分布深度多集中在0~30厘米的土层，佛手瓜的根系属浅根型，其大多数侧根沿地表生长。在土壤湿润、生长旺盛的夏季，大量的须根甚至长出地面（从地表可看到许多白色的、直径达2毫米以上的须根）。佛手瓜根系的浅根性决定了它既不抗旱也不耐涝。在渍涝和透气不良的条件下极易烂根，使植株萎蔫，如不及时排涝就会造成植株死亡，生产中应加以注意。
