1、首先木瓜花叶病毒病主要由蚜虫、蚧壳虫和白粉虱进行传播，因此防治害虫是防止花叶病毒病传播的首要措施。可以在木瓜生长发育期间检查木瓜茎叶，如发现有虫害时及时连续喷洒2～3次1000倍蚜虱净水溶液，或1500倍蚧虱净水溶液，或1000倍乐斯本水溶液进行防治，每7～10天喷洒一次，均匀喷湿所有的茎叶，以开始有水珠往下滴为宜，即能杀死上述害虫，避免传播花叶病毒病。
2、在木瓜幼苗定植成活后，根部淋施一次1000倍硫酸锌、600倍植物病毒疫苗混合液，每株淋1～1.5公斤左右，以削弱木瓜植株体内的病毒活性，能明显减轻木瓜花叶病毒病的发生和危害。
