辣椒根腐病是有镰孢菌属的病菌侵染引起的土传病害。近几年，保护地种植面积不断增加，轮作倒茬越来越困难，病害发生越来越严重，导致辣椒产量质量大幅度下降，已成为影响辣椒生产的一大病害，本病多发生在定植后，发病初期，病株枝叶，特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复，症状反复数日后，叶片全部萎蔫。但叶片仍呈绿色，病株的根颈部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂，病株随即枯萎死亡。
防治技术1、轮作换茬根据致病菌在土壤中存活时间长的特点，在茬口安排上要与大白菜、甘蓝、大蒜、大葱等作物实行5年以上的轮作，是减少或杜绝辣椒根腐病发生的重要栽培条件。2、科学管理，防止积水整地时一头要挖好排水沟，采用垄栽。做成90厘米的垄距，一垄栽双行。这样，利于提早封垄，通风采光和田间管理，施用充分腐熟的有机肥或施用“5406”三号菌粉500倍液；中后期追肥，采用配制好的复肥母液随浇水时浇施，顺垄撒施后浇水，防止人为管理造成辣椒表部受伤3、做好发病田的隔离带出田外烧毁，然后用土拌石灰掩埋辣椒株附近，随后封闭全田，力避浇水等造成传播的管理措施防止向外传播蔓延。4、药剂灌根定植缓苗后，在发病前用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，40%多硫悬浮剂600倍液，50%甲基菌灵可湿性粉剂500倍液，隔7―10天对辣椒连株灌根，连续灌3-4次。