辣椒细菌性疮痂病可危害叶片、茎秆和果实，叶片染病后初期呈黄绿色水渍状小斑点，后扩大为圆形或不规则形边缘稍隆起、中部稍凹陷的疮痂状病斑；茎秆染病后初生水渍状不规则条斑，后木栓化隆起、纵裂；果实染病初生黑色或褐色隆起的小点，逐渐扩大成隆起的长远性疮痂斑，病斑边缘有裂口，潮湿时会有菌脓溢出。该病病原菌可随病残体在土壤中越冬，病菌从叶片上的气孔侵入，在棚内潮湿的情况下，病斑上产生的菌脓可随浇水或农事操作（整枝打叶留下的伤口、农机具等）进行传播。
特别是在连阴雨天棚室通风不畅，棚内湿度大时尤容易形成发病高峰。对于辣椒细菌性疮痂病的防治，菜农要注意加强以下几个方面的管理：
首先，降低棚内湿度，避免叶片和果面结露。在保证棚温的前提下，尽量多通风排湿，适当浇小水，有条件的菜农采用膜下滴灌的方式，以降低湿度；也可在操作行铺设稻壳或碎秸秆进行吸湿。
其次，清除病残体，保护好伤口。菜农在进行整枝打杈等农事操作后，要及时喷洒杀菌剂，避免病原菌从伤口侵入传播；同时建议菜农不要定植过密，防止植株间相互摩擦产生物理伤口，为病原菌提供侵染途径。那些因染病而摘除的病叶、病果等病残体要及时带出棚外销毁，以减少棚室内的菌源。
第三，药剂防治。可选用春雷王铜、喹啉铜、氯溴异氰尿酸、噻霉酮等药剂进行叶面喷施；也可用枯草芽孢杆菌（100亿/克）1公斤/亩进行冲施；使病情严重程度，连续防治2-3次。
