棉花生理病害是由不适宜的生态环境所引起的非侵染性病害的总称，各产棉区都有发生，个别年份发生较重。
常发生的棉花生理病害主要有三类：一是由肥水失调等综合因素引起的棉花红(黄)叶枯病，俗称红叶茎枯病；二是典型的缺素症；还有一种是由药害引起的畸形症。
1、棉花红(黄)叶枯病一般多在初花期开始发病，盛花期至结铃期发生普遍且严重。在棉花生长中，病叶从外向内发展，脉间叶肉成淡黄色，但叶脉保持绿色，以后叶色变为紫红色或红褐色，皱缩，继续发展则全叶呈红褐色。严重时，叶柄基部变软，失水干缩，形成茎枯，引起大量落叶，终至全株枯死。剖开茎杆维管束并不变色。引起这类病害的原因主要与土壤、营养、肥水、气候和栽培管理密切相关。
2、缺素症。常见的缺素症有：（1）缺氮素植株弱小，叶色发黄；严重时幼叶呈黄绿色，以后由黄变红，最后变褐色干枯。（2）缺磷则根系发育不良，植株生长缓慢，株型矮小，茎秆细脆，叶色暗绿，并有紫红斑块。（3）缺钾时叶片自下而上出现症状，即先从下部叶片叶脉间的叶肉褪绿变黄转褐，出现似感染黄萎病的“花西瓜皮症状”，但其维管束不变色，严重时植株叶片呈红(黄)褐色。（4）缺镁则叶片失绿，网状脉纹十分明显，有时叶片产生紫红斑块。（5）缺硼则叶片深绿，生长缓慢，下部叶片萎蔫下垂，生长点易枯死，生殖器官生长受阻，现蕾少。此外在碳酸盐含量较多的土壤中，铁盐常变为不能被植物吸收的状态，也常引起叶片失绿。锰、钙、硫、锌等元素的缺乏，也会引起叶片变色、抑制正常生长。总之，棉花缺素，不论缺大量元素，还是微量元素，它们都是植株生长发育必不可少的物质，不能相互替代。某一元素的缺乏，必然会导致其生理代谢的紊乱或破坏，从而出现缺素症。
3畸形。正常生长的棉田突然出现大片植株叶色发黄、叶形变细、变长、皱缩、扭曲、似“鸡爪”状叶片，植株生长也明显受抑制。这类症状多与棉田附近施用除草剂危害有关。
4、萎蔫。在高温期久旱之后大水漫灌，棉田中也常发生“生理性萎蔫”，这是因高湿环境导致厌氧细菌大量繁殖，它们所产生的硫化氢、甲烷等对棉花产生毒害作用所致。
生理病害的种类很多，要控制其发生，必须首先查明病因。若是缺素症则根据缺什么补什么的原则，对症处理；若是药害，则通过调节剂种类、严格按照操作规程处理，即可通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。若是红（黄）叶枯病，因病因比较复杂，则主要通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。
1.改良土壤。如扩种绿肥，棉花与苜蓿轮作、深耕和稻棉轮作等，都可改善土壤结构状况，减轻病害发生。
2.平衡施肥。如施足底肥、轻施苗肥、巧施蕾肥、重施花铃肥、补施盖顶肥，氮磷钾合理配合施用。缺钾棉田应在发病初期喷施1%~2%的氯化钾、硫酸钾或硝酸钾。喷施1.5%尿素，也可减轻病害发生。地膜棉田易发生后期早衰，更要注意花铃肥的施用。
3．加强管理。棉田应精耕细作，及时中耕，及时灌水，严禁大水漫灌，多雨季节要注意及时开沟排水，都有助于减轻红（黄）叶枯病的发生。
