1.果实肉质稍有下降
因为套袋的苹果叶绿素低，基本上不进行光合作用，果实处在“不自由”的状态下，生长不正常，所以套袋果实的总糖、还原糖、可溶性固形物、维生素C等含量均有所下降，因此果实风味偏淡。
2.加重某些潜在病虫害的发生
套袋内微域环境变暗，康氏粉蚧、黄粉虫、玉米象等喜阴怕光害虫从果袋通气孔钻爬到果实上为害。
3.摘袋后容易出现日灼
在某些时候摘套袋时如果不注意选择天气情况，很容易发生日灼现象，
4.套袋产品质量标准不统一
袋子的质量参差不齐，优劣悬殊，缺乏国家标准。套后果实品质和损伤情况差别很大。
5.套袋技术不过关
有的果农对套袋栽培技术掌握不全面，不分情况就进行套袋。如，在弱树上套袋，套袋前不补钙、硼，套袋前不打杀虫剂，套袋果选择不严格，果袋规格不适等，均会导致套袋的失败。
