苹果贮藏期主要病害基本分为3大类。
第一类是致病菌。在果实生长期侵入，采摘时髦未表现出症状，带有病菌的果实，在贮藏期逐步表现出典范损害状。此类病害通常在贮藏30天内延续涌现。苹果轮纹烂果病、苹果炭疽病、苹果霉心病、苹果疫腐病都属于此类病害。防治此类病害是在生长期，而不是在贮藏期，果实履行套袋生产对这些病害都有良好的预防效果（霉心病除外），而在采果后用药解决，则收获不大。
第二类是生理病害。
病因庞杂，常见的有：
①苦痘病。发生起因与果实中钙、氮的含量及氮、钙的比例过大关系亲密。当果实中钙离子浓度低于110ppm时，果实呼吸速率增长，原生质及液泡膜崩解、果肉组织松软、外部表现凹陷雀斑。氮、钙比大于10则发生，达到30时严重发生。防治苦痘病采取以下方法：增施有机肥，适量施速效氮肥，按该品种正常采收期采收；幼果期每2周叶面弥补1次钙，如氨基酸钙100倍，共弥补4—6次；果实入库前用2％氯化钙溶液浸渍，节制窖内温度不高于2℃，并维持良好通透性，对发生严重品种应高接抗病品种。
②水心病（蜜病、玻璃病）。发生起因是由梨糖醇代谢碰壁及钙素少。防治办法基本与防治苦痘病相同，并留意弥补磷肥。
③褐烫病（虎皮病）。苹果贮藏后期发生，发生起因众说不一，已知未成熟的富士、金冠发生较重。偏施氮肥、多雨年份、采收过早、窖温过高及通风不良易发生。防治方法主要是增施有机肥，不偏施氮肥，适时采收；贮藏后期避免窖温过高，维持窖内通风良好。
④果肉褐变。气调贮藏时，当二氧化碳浓渡过高，氧气浓渡过低时发生。各品种对二氧化碳的忍耐力差别很大。防治方法：气调贮藏时，要威严按苹果品种节制气体比例，通常氧气不低于3％，二氧化碳不高于10％。
第三类是与果实伤口（机械损害、虫伤）关系极大的病害。
①青霉病。致病菌主要经伤口侵入，病果和健果接触，菌丝可侵入健果。病菌产生果胶酶和毒素，很快使果肉软腐，病菌在0℃条件下仍能迟缓生长，塑料袋袋装果发生多。预防方法：采摘、分级、搬运、贮藏进程中，避免碰伤、刺伤、挤压伤，对伤果要捡出；果库事先要用1％硫酸铜或福星2000倍、世高1000倍灭菌；果库温度节制在0℃—2℃；经常检查，发现烂果及时消除。
②褐腐病。此病害在果实生长后期就已发生，又是贮运期间的重要病害。果实生长后期发生的褐腐病，病菌从食心虫等害虫造成的伤口侵入，将虫害防治好，此期的褐腐病可得到有效的节制。贮藏期间发生的褐腐病，病菌从机械伤口处侵入，与预防青霉病的方法相同。
