连续三年温室大棚关键问题不是养分缺乏，而是养分之间不平衡，在有条件的地方最好能进行测土施肥。如果条件达不到，应掌握主要施用有机肥以提高土壤的综合力，适当施用氮肥和钾肥，少施磷肥的原则。
在大棚蔬菜种植过程中，肥料的投入量约是蔬菜带走量的3倍-5倍，大棚种植年限越长，土壤中积累的养分越多。这些营养离子在土壤中积累到一定程度会引起土壤盐渍化，进而对蔬菜生长产生危害。大棚土壤积累最多的营养元素是磷。事实上，与粮食作物相比，蔬菜对磷的需要量相对较少，磷在土壤中又不易淋失，因此，大棚土壤磷素相对丰富。但过多时也容易引起土壤养分之间不平衡，影响产量和降低肥效。一般在黄瓜定植前每亩施用腐熟的有机肥5立方米-7立方米，磷酸二铵30公斤-50公斤。氯化钾10公斤-20公斤。
开花结果期开始结合浇水进行追肥，追肥的数量要依照少而勤的原则，就是每次追肥量不能多，一般冬季4-5周追肥一次，春季2-3周追肥一次。每次施肥数量为每亩施尿素5公斤-10公斤、磷酸二铵2公斤-3公斤、氯化钾1公斤-2公斤，或直接追施三元素复合肥，每次每亩施用10公斤-20公斤，并配合施用尿素3公斤-5公斤。
追施氮肥要以尿素和硝酸铵为主，不能施用硫酸铵、氯化氨和碳酸氢铵。因硫酸铵是生理酸性化肥，当大量施用后，硫酸铵在土壤水分中将解离成氨和硫酸根，氨被瓜秧吸收后，剩下硫酸根和水化合成硫酸，会使土壤酸化板结，影响以后的蔬菜产量。氯化氨除能加速土壤酸化和板结外，氯对黄瓜有害，更要严禁使用。碳酸氢铵因是弱酸弱碱盐，很不稳定，特别是棚栽黄瓜在封闭的高温环境中生长，碳酸氢铵施入土壤后很快分解产生氨，当瓜秧不能及时全部吸收时，多余的氨就会气化逸入棚中，当氨气遇到叶面水膜水滴时，生成氨水，轻者下部叶片黄化，严重时青枯坏死，严重影响产量，甚至绝收。
叶面追肥是经济有效的追肥方法。一般是在生产中后期，发现叶片薄而黄时追氮肥，用尿素50g对水15kg，充分搅拌溶解后喷施叶面，每5--7d1次，连续3--5次，能收到很好的效果。当发现化瓜严重，瓜叶肥大，畸形瓜多时，用磷酸二氢钾50g对水15kg搅拌溶解后喷施叶面，3--5d1次，也能收到一定效果。到生产后期，根部衰老，可同时用尿素和磷酸二氢钾各50g对水15kg，再加入喷施宝半瓶，搅拌溶解后喷叶，有代替根部追肥，增加抗病性，延迟衰老，争取后期高产的作用。在这里要说明的是，一般情况下不能把防病治病的农药任意加到化肥里同时喷洒，否则不是产生药害就是药物失效。需要同时喷洒时，也应上午喷药，下午喷肥，严防产生药害。
